分子動力學模擬（molecular dynamics simulation）是一種基于物理、化學、數學等學科，模擬粒子體系的微觀運動的方法。在流體動力學、新材料、生物醫藥等方向應用較多。在藥物設計中可用于藥物與受體相互作用分析、結合能計算，抑制劑構效關系分析、受體氨基酸突變研究、大分子變構調節機制研究等等。

常用分析：

1.模型穩定性分析

穩定性分析是后續分析的保障，包括：

1）RMSD分析、RMSF分析

2）軌跡聚類分析

3）B-factor分析等

2.結合自由能分析

藥物與受體的結合自由能是藥物活性的重要評價指標、結合自由能大小可作為化合物活性預測的依據，包括：

1）結合自由能計算（MMPBSA）

2）分子間相互作用力（范德華項、靜電項）

3）溶劑化自由能（非極性項、極性項）等

3.熱點殘基分析

熱點殘基，在藥物與受體結合或蛋白與蛋白結合模型中，即是通常所說的關鍵氨基酸殘基。分析熱點殘基可以幫助理解藥物的活性差異及受體的抑制機理。常用方法包括：

1）RMSF分析

2）結合自由能分解

3）B-factor分析等

4.相互作用分析

在分析受體-配體的結合模式時，除結合自由能外，相互作用分析同樣重要。包括：

1）氫鍵分析

2）距離、角度、二面角分析

3）鹽橋分析等

5.受體性質分析

蛋白性質分析是分子動力學模擬的一個重要板塊，可用來分析受體的變構調節、突變前后性質變化、抑制機理解釋等方面。包括：蛋白質二級結構分析 ，B-factor分析、RMSF分析

1）試劑可及表面積（SASA）分析

2）回旋半徑、徑向分布函數分析等