同源建模（homology modeling），即將一個與目標蛋白具有良好同源性的蛋白的三維模型作為模板，預測目標蛋白的三維結構。

蛋白質三維結構作為基于結構的藥物設計和理解其生物學功能的重要基礎，具有不可替代的作用。

但目前蛋白晶體結構數據庫中的已知蛋白晶體結構有限。

同源建模構建蛋白的三維結構，具有良好的可信度，是目前最成熟，應用最多的蛋白質虛擬建模技術。