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【計算機輔助藥物設(shè)計】靶標釣取

靶標釣取（target fishing），是指利用已知靶標的小分子藥物庫，通過結(jié)構(gòu)相似性、化學環(huán)境的相似性等匹配原則，計算目標小分子與庫中各藥物的匹配得分，進而預測目標小分子的靶標。一個明確的藥物靶標是后續(xù)藥物構(gòu)效分析、藥物機機理解釋、苗頭化合物篩選、先導物化合物設(shè)計等的重要基礎(chǔ)。在藥物設(shè)計及生物醫(yī)藥相關(guān)的研究中

2022-01-07 【檢驗檢測常見問題】
Tags：分析儀器計算機輔助藥物設(shè)計靶標釣取
【計算機輔助藥物設(shè)計】分子對接

分子對接（molecular docking）是指利用“鎖鑰原理”搜索配體結(jié)合到受體上時最佳的結(jié)合構(gòu)象。分子對接可評價藥物等配體與受體的親和力大小，并分析他們的結(jié)合模式。是一種基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計方法，在酶學研究及藥物設(shè)計領(lǐng)域有著廣泛的應(yīng)用。主要包括：小分子抑制活性、催化結(jié)合構(gòu)象、蛋白-蛋白相互作用等。實驗項目：1.小分

2022-01-07 【檢驗檢測常見問題】
Tags：分析儀器計算機輔助藥物設(shè)計分子對接
【計算機輔助藥物設(shè)計】虛擬篩選

虛擬篩選（virtual screening），即利用化學信息學建立藥物活性與化合物結(jié)構(gòu)的關(guān)系，并從待篩選庫中篩選潛在活性小分子的方法，是目前廣泛應(yīng)用的藥物計算方法。通常的篩選方法有類藥性篩選、相似性篩選ADMET篩選、基于分子對接的虛擬篩選和藥效團篩選等等。篩選規(guī)則：在藥物的虛擬篩選中，常常需要考慮類藥性等基本篩選條件

2022-01-07 【檢驗檢測常見問題】
Tags：分析儀器計算機輔助藥物設(shè)計虛擬篩選
【計算機輔助藥物設(shè)計】拉氏構(gòu)象圖

拉氏構(gòu)象圖，根據(jù)蛋白質(zhì)中非鍵合原子間的最小接觸距離，確定哪些成對二面角（Φ、Ψ）所規(guī)定的兩個相鄰肽單位的構(gòu)象是允許的，哪些是不允許的。可用來鑒定蛋白質(zhì)構(gòu)象是否合理。常常作為同源模型的評價指標。

2022-01-07 【檢驗檢測常見問題】
Tags：分析儀器計算機輔助藥物設(shè)計拉氏構(gòu)象圖
【計算機輔助藥物設(shè)計】同源建模

同源建模（homology modeling），即將一個與目標蛋白具有良好同源性的蛋白的三維模型作為模板，預測目標蛋白的三維結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)作為基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計和理解其生物學功能的重要基礎(chǔ)，具有不可替代的作用。但目前蛋白晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中的已知蛋白晶體結(jié)構(gòu)有限。同源建模構(gòu)建蛋白的三維結(jié)構(gòu)，具有良好的可信度，是目前

2022-01-07 【檢驗檢測常見問題】
Tags：分析儀器計算機輔助藥物設(shè)計同源建模
【計算機輔助藥物設(shè)計】分子動力學模擬

分子動力學模擬（molecular dynamics simulation）是一種基于物理、化學、數(shù)學等學科，模擬粒子體系的微觀運動的方法。在流體動力學、新材料、生物醫(yī)藥等方向應(yīng)用較多。在藥物設(shè)計中可用于藥物與受體相互作用分析、結(jié)合能計算，抑制劑構(gòu)效關(guān)系分析、受體氨基酸突變研究、大分子變構(gòu)調(diào)節(jié)機制研究等等。常用分析：1.模型穩(wěn)定性

2022-01-07 【檢驗檢測常見問題】
Tags：分析儀器計算機輔助藥物設(shè)計分子動力學模擬