虛擬篩選（virtual screening），即利用化學信息學建立藥物活性與化合物結構的關系，并從待篩選庫中篩選潛在活性小分子的方法，是目前廣泛應用的藥物計算方法。通常的篩選方法有類藥性篩選、相似性篩選ADMET篩選、基于分子對接的虛擬篩選和藥效團篩選等等。

篩選規則：

在藥物的虛擬篩選中，常常需要考慮類藥性等基本篩選條件，如Lipinski規則。

相似性篩選根據化合物各基團的相似性進行篩選，如，芳香環、鹵素、親/疏水性等。根據已知活性的陽性分子篩選化合物庫中具有高相似性的化合物。常常用作初步篩選。

基于分子對接的虛擬篩選：

在藥物靶標已知的前提下，可以利用分子對接篩選與藥物靶標具有高親和力的分子。

藥物分子與藥物靶標具有高親和力是藥物結合受體，發揮藥效的重要前提。基于分子對接的虛擬篩選常作為核心篩選方法。